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      上海云序生物科技有限公司
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      云序生物

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      上海市松江區莘磚公路518號18號樓2樓

      O8G RNA氧化修飾測序

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      ×
      O8G RNA氧化修飾是在哺乳動物細胞內活性氧攻擊mRNA中的鳥嘌呤從而產生的一種RNA修飾
      技術詳情
      背景介紹
      O8G RNA氧化修飾是在哺乳動物細胞內活性氧攻擊mRNA中的鳥嘌呤從而產生的一種RNA修飾,它可以與腺嘌呤配對并誘導鳥嘌呤-胸腺嘧啶(G> T)突變,是病理生理學中一種通過活性氧氧化導致疾病表型的修飾。目前,O8G RNA氧化修飾作為一類新型RNA修飾,是繼m6A修飾之后的又一表觀轉錄組學熱點和“超級潛力股”!
      云序生物對O8G RNA氧化化檢測手段為O8G-IP-Seq技術,技術原理如下: 將O8G特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有O8G修飾的片段進行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本只含有打斷的RNA片段,并不添加O8G特異性抗體與其共孵育。對照樣本用于消除非特異性抓取的O8G片段的背景。對比免疫共沉淀(IP)樣本和對照樣本(Input)中的序列片段,將O8G氧化修飾位點定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中O8G氧化程度及對RNA表達水平的影響。

      O8G

      技術原理

      為了系統性揭示RNA O8G氧化修飾,云序生物提供了成熟的 RNA O8G氧化MeRIP-Seq技術服務。技術原理如下:將RNA O8G氧化特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有O8G氧化修飾的片段進行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本為未進行IP反應的RNA片段。對照樣本用于消除非特異性抓取O8G氧化片段的背景。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段,將O8G氧化修飾位點定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中O8G氧化程度。
      配合專業的生物信息學分析,云序生物可進一步提供高精度的O8G氧化圖譜,幫助客戶揭示O8G氧化在生物學功能和潛在的作用機制。

      云序特色
      √ 最全產品線:可針對性地檢測不同類型RNA分子的O8G氧化;
      √ 特異性高:特異性富集和檢測O8G氧化的 RNA片段;
      √ 全轉錄組覆蓋:全轉錄組范圍的RNA O8G氧化檢測; 
      √ 全物種檢測:可以檢測幾乎任何動植物的O8G氧化;
      √ 專業化的生信分析:強大的生信團隊,專業的O8G氧化數據分析;


      產品分類

      O8G 全轉錄組測序:同時檢測O8G氧化的環狀RNA,LncRNA和mRNA;
      O8G 環狀RNA測序:檢測O8G氧化的所有環狀RNA;
      O8G LnRNA測序:同時檢測O8G氧化的LncRNA和mRNA;
      O8G mRNA測序:檢測O8G氧化的所有mRNA;


      數據分析

      云序生物產品名稱

      提供的數據

      O8G RNA化測序

      RNA QC報告

      測序的原始數據(fastq格式)

      測序結果的質控

      匹配到基因組的結果

      識別的化位點

      化位點的長度分布及motif分析結果

      差異化位點

      差異化位點的GOPathway分析結果

      標準化完整報告




      O8G RNA氧化數據分析
      1.識別O8G RNA氧化富集區域(*)
      通過嚴謹的生物信息學流程識別O8G RNA氧化富集區域,紅色為Input,藍色為IP樣本,對比分析O8G RNA氧化富集區域。
      1.識別O8G RNA氧化富集區域(*)
      2.O8G RNA氧化區域注釋(*)
      根據測序數據,可進行O8G RNA氧化富集區域的各種常規分析。
      2.O8G RNA氧化區域注釋(*)
      3.O8G RNA氧化的GO分析和KEGG 信號通路分析
      對O8G RNA氧化顯著性差異的mRNA進行GO分析。
      3.O8G RNA氧化的GO分析和KEGG 信號通路分析




      O8G RNA氧化測序應用案例
      一、O8G RNA氧化修飾與蛋白翻譯密切相關
      1. Nature | miR-1的位置特異性氧化導致心臟肥大
      發表時間:2020年8月5日
      影響因子:42.778
      Nature上發表的來自韓國高麗大學Sung Wook團隊的一篇研究在氧化還原相關疾病心肌肥大的大鼠模型中對氧化的miRNA進行了特異性測序研究。文章題目為:“Position-specific oxidation of miR-1 encodes cardiac hypertrophy”。
      作者在氧化還原相關疾病心肌肥大的大鼠模型中對氧化的microRNA(miRNA)進行了特異性測序。結果發現8-氧代鳥嘌呤2(o8G)修飾是選擇性地在miRNA的特殊區域(位置2-8)產生的,并通過o8G-A堿基互補配對來調節其他mRNA。用腎上腺素能激動劑治療后主要在miR-1(7o8G-miR-1)的第7位誘導了o8G氧化修飾。單獨引入的7o8G-miR-1或7U-miR-1(其中7位的G被U取代)足以引起小鼠心臟肥大,o8G-miR-1的mRNA靶基因在受影響的表型中起作用,反之對小鼠心肌細胞7o8G-miR-1的特異性抑制可減輕心臟肥大。o8G-miR-1也與心肌病患者有關。本研究表明miRNA的位置特異性氧化可以作為表觀轉錄機制來協調病理生理學氧化還原介導的基因表達,為研究氧化修飾在病理生理學中的作用提供了新的思路。

      圖注:miR-1位置特異性氧化的示意圖模型
      圖注:miR-1位置特異性氧化的示意圖模型


      2.PNAS| 8-oxoG在mRNA中的積累可以改變哺乳動物細胞中的蛋白質翻譯
      發表時間:2018年4月17號
      影響因子:9.412
      PNAS雜志發表了來自國家老年醫學中心、北京醫院研究的一篇有關O8G氧化修飾改變哺乳動物細胞中蛋白合成的研究成果。文章題目為“Transcriptional mutagenesis mediated by 8-oxoG induces translational errors in mammalian cells”。
      哺乳動物細胞內形成的活性氧可以在mRNA中產生8-oxoG修飾,這一氧化修飾在基因表達過程中會導致堿基錯配。本研究首先構建了一種基于超敏熒光素酶Gluc(Gussia luciferase)的報告基因檢測系統,通過第二代測序技術發現當RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位點增加,從而誘導表達淀粉樣前體蛋白的淀粉樣β肽(老年癡呆的重要標志物)。該研究結果表明,8-oxoG在mRNA中的積累可以改變哺乳動物細胞中的蛋白質合成。本論文的發表為深入氧化修飾與蛋白合成間的分子機理提供了全新的研究思路!

      圖注:8-oxoG摻入引起的異常蛋白質合成示意圖
      圖注:8-oxoG摻入引起的異常蛋白質合成示意圖



      樣本要求
      1)樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA 樣品。
      2)樣品量:
      細胞:2×107
      組織:500 mg-1 g
      RNA:30 - 300 μg,濃度不低于100 ng/μL
      3)RNA 質量要求:
      OD260/280:1.8~2.1
      濃度≥ 100 ng/μl
      RNA 無明顯降解(28S:18S ≥ 1.5 或者RIN ≥ 7)
      4)樣品保存:
      新鮮組織可用RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存。
      細胞樣品,離心收集細胞沉淀后用PBS洗2遍,直接-80℃保存;RNA 樣品可溶于乙醇或RNA-free 的超純水中,-80℃保存。樣品保存
      Note:樣品保存期間避免反復凍融。
      5)樣品運輸:樣品置于1.5 ml Eppendorf管或凍存管中,封口膜封好,裝在塑料袋中,干冰運輸。
      O8G RNA氧化修飾測序
      O8G RNA氧化修飾測序

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      O8G RNA氧化修飾是在哺乳動物細胞內活性氧攻擊mRNA中的鳥嘌呤從而產生的一種RNA修飾
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      技術詳情
      背景介紹
      O8G RNA氧化修飾是在哺乳動物細胞內活性氧攻擊mRNA中的鳥嘌呤從而產生的一種RNA修飾,它可以與腺嘌呤配對并誘導鳥嘌呤-胸腺嘧啶(G> T)突變,是病理生理學中一種通過活性氧氧化導致疾病表型的修飾。目前,O8G RNA氧化修飾作為一類新型RNA修飾,是繼m6A修飾之后的又一表觀轉錄組學熱點和“超級潛力股”!
      云序生物對O8G RNA氧化化檢測手段為O8G-IP-Seq技術,技術原理如下: 將O8G特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有O8G修飾的片段進行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本只含有打斷的RNA片段,并不添加O8G特異性抗體與其共孵育。對照樣本用于消除非特異性抓取的O8G片段的背景。對比免疫共沉淀(IP)樣本和對照樣本(Input)中的序列片段,將O8G氧化修飾位點定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中O8G氧化程度及對RNA表達水平的影響。

      O8G

      技術原理

      為了系統性揭示RNA O8G氧化修飾,云序生物提供了成熟的 RNA O8G氧化MeRIP-Seq技術服務。技術原理如下:將RNA O8G氧化特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有O8G氧化修飾的片段進行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本為未進行IP反應的RNA片段。對照樣本用于消除非特異性抓取O8G氧化片段的背景。對比免疫共沉淀IP樣本和Input樣本中的序列片段,將O8G氧化修飾位點定位到轉錄組上,并根據RNA-seq數據,計算樣本中O8G氧化程度。
      配合專業的生物信息學分析,云序生物可進一步提供高精度的O8G氧化圖譜,幫助客戶揭示O8G氧化在生物學功能和潛在的作用機制。

      云序特色
      √ 最全產品線:可針對性地檢測不同類型RNA分子的O8G氧化;
      √ 特異性高:特異性富集和檢測O8G氧化的 RNA片段;
      √ 全轉錄組覆蓋:全轉錄組范圍的RNA O8G氧化檢測; 
      √ 全物種檢測:可以檢測幾乎任何動植物的O8G氧化;
      √ 專業化的生信分析:強大的生信團隊,專業的O8G氧化數據分析;


      產品分類

      O8G 全轉錄組測序:同時檢測O8G氧化的環狀RNA,LncRNA和mRNA;
      O8G 環狀RNA測序:檢測O8G氧化的所有環狀RNA;
      O8G LnRNA測序:同時檢測O8G氧化的LncRNA和mRNA;
      O8G mRNA測序:檢測O8G氧化的所有mRNA;


      數據分析

      云序生物產品名稱

      提供的數據

      O8G RNA化測序

      RNA QC報告

      測序的原始數據(fastq格式)

      測序結果的質控

      匹配到基因組的結果

      識別的化位點

      化位點的長度分布及motif分析結果

      差異化位點

      差異化位點的GOPathway分析結果

      標準化完整報告




      O8G RNA氧化數據分析
      1.識別O8G RNA氧化富集區域(*)
      通過嚴謹的生物信息學流程識別O8G RNA氧化富集區域,紅色為Input,藍色為IP樣本,對比分析O8G RNA氧化富集區域。
      1.識別O8G RNA氧化富集區域(*)
      2.O8G RNA氧化區域注釋(*)
      根據測序數據,可進行O8G RNA氧化富集區域的各種常規分析。
      2.O8G RNA氧化區域注釋(*)
      3.O8G RNA氧化的GO分析和KEGG 信號通路分析
      對O8G RNA氧化顯著性差異的mRNA進行GO分析。
      3.O8G RNA氧化的GO分析和KEGG 信號通路分析




      O8G RNA氧化測序應用案例
      一、O8G RNA氧化修飾與蛋白翻譯密切相關
      1. Nature | miR-1的位置特異性氧化導致心臟肥大
      發表時間:2020年8月5日
      影響因子:42.778
      Nature上發表的來自韓國高麗大學Sung Wook團隊的一篇研究在氧化還原相關疾病心肌肥大的大鼠模型中對氧化的miRNA進行了特異性測序研究。文章題目為:“Position-specific oxidation of miR-1 encodes cardiac hypertrophy”。
      作者在氧化還原相關疾病心肌肥大的大鼠模型中對氧化的microRNA(miRNA)進行了特異性測序。結果發現8-氧代鳥嘌呤2(o8G)修飾是選擇性地在miRNA的特殊區域(位置2-8)產生的,并通過o8G-A堿基互補配對來調節其他mRNA。用腎上腺素能激動劑治療后主要在miR-1(7o8G-miR-1)的第7位誘導了o8G氧化修飾。單獨引入的7o8G-miR-1或7U-miR-1(其中7位的G被U取代)足以引起小鼠心臟肥大,o8G-miR-1的mRNA靶基因在受影響的表型中起作用,反之對小鼠心肌細胞7o8G-miR-1的特異性抑制可減輕心臟肥大。o8G-miR-1也與心肌病患者有關。本研究表明miRNA的位置特異性氧化可以作為表觀轉錄機制來協調病理生理學氧化還原介導的基因表達,為研究氧化修飾在病理生理學中的作用提供了新的思路。

      圖注:miR-1位置特異性氧化的示意圖模型
      圖注:miR-1位置特異性氧化的示意圖模型


      2.PNAS| 8-oxoG在mRNA中的積累可以改變哺乳動物細胞中的蛋白質翻譯
      發表時間:2018年4月17號
      影響因子:9.412
      PNAS雜志發表了來自國家老年醫學中心、北京醫院研究的一篇有關O8G氧化修飾改變哺乳動物細胞中蛋白合成的研究成果。文章題目為“Transcriptional mutagenesis mediated by 8-oxoG induces translational errors in mammalian cells”。
      哺乳動物細胞內形成的活性氧可以在mRNA中產生8-oxoG修飾,這一氧化修飾在基因表達過程中會導致堿基錯配。本研究首先構建了一種基于超敏熒光素酶Gluc(Gussia luciferase)的報告基因檢測系統,通過第二代測序技術發現當RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位點增加,從而誘導表達淀粉樣前體蛋白的淀粉樣β肽(老年癡呆的重要標志物)。該研究結果表明,8-oxoG在mRNA中的積累可以改變哺乳動物細胞中的蛋白質合成。本論文的發表為深入氧化修飾與蛋白合成間的分子機理提供了全新的研究思路!

      圖注:8-oxoG摻入引起的異常蛋白質合成示意圖
      圖注:8-oxoG摻入引起的異常蛋白質合成示意圖



      樣本要求
      1)樣品類型:細胞、新鮮組織或RNA 樣品。
      2)樣品量:
      細胞:2×107
      組織:500 mg-1 g
      RNA:30 - 300 μg,濃度不低于100 ng/μL
      3)RNA 質量要求:
      OD260/280:1.8~2.1
      濃度≥ 100 ng/μl
      RNA 無明顯降解(28S:18S ≥ 1.5 或者RIN ≥ 7)
      4)樣品保存:
      新鮮組織可用RNA保護劑處理或液氮凍存后,-80℃保存。
      細胞樣品,離心收集細胞沉淀后用PBS洗2遍,直接-80℃保存;RNA 樣品可溶于乙醇或RNA-free 的超純水中,-80℃保存。樣品保存
      Note:樣品保存期間避免反復凍融。
      5)樣品運輸:樣品置于1.5 ml Eppendorf管或凍存管中,封口膜封好,裝在塑料袋中,干冰運輸。

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