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      上海云序生物科技有限公司
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      m5C pri-miRNA測序

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      m5C RNA是近年來發現的一類在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒有系統性報道。云序生物率先開展m5C RNA甲基化測序服務,采用經典重亞硫 酸鹽處理的方式進行測序。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。
      技術詳情

      技術簡介
      m5C RNA是近年來發現的一類在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒有系統性報道。云序生物率先開展m5C RNA甲基化測序服務,采用經典重亞硫酸鹽處理的方式進行測序(Bisulfite Sequencing, 簡稱 Bis-seq)。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。此外,云序生物亦提供 m5C 甲基化免疫沉淀測序(m5C Methylation Immunoprecipitation Sequencing,簡稱 m5C MeRIP-seq)服務,助力 m5C 修飾研究。

      云序生物(m5C)RNA甲基化測序流程

       云序生物(m5C)RNA甲基化測序流程

      云序生物RNA甲基化測序產品

      云序生物RNA甲基化測序產品

      云序優勢

      一站式服務:
      客戶只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,云序生物為您完成m5C RNA-Seq全套實驗服務。
      嚴格的質控:
      云序生物對m5C RNA-Seq實驗每一步驟均設有關鍵質控,保證客戶得到優 質數據。
      專業的生物信息學分析:
      云序生物擁有專業的生物信息分析團隊,幫助客戶進行實驗數據的全 面挖掘。

      樣本要求
      樣品類型:
      細胞、新鮮組織或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
      樣品量:

      a) 細胞:2×107 

      b) 組織:100 mg-1 g

      c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)

      樣品運輸與保存
      樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
      樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。


      數據分析(下列有※表示個性化分析)
      1、識別RNA甲基化位點
      通過高通量測序和生物信息分析,識別甲基化富集的基因組區域。


      識別RNA甲基化位點


      2、RNA甲基化位點的注釋
      富集峰識別后,得到的是一堆基因組位置信息,通過生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進行注釋,并根據峰中點相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

      RNA甲基化位點的注釋


      3、RNA甲基化位點在基因組中的分布
      根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

           RNA甲基化位點在基因組中的分布         


      4、RNA甲基化位點Motif分析
      RNA上甲基化的位點,可能包含某種序列 motif。RNA甲基化酶可能正是通過識別這些 motif 特異性進行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點后,獲取序列就能使用生物信息學的手段來搜索這些 motif,從而揭示 RNA甲基化修飾的機制。

      RNA甲基化位點Motif分析


      5、差異RNA甲基化位點的識別與注釋
      云序生物使用meRanCompare軟件識別兩個/組樣品間的差異甲基化位點,以FDR<0.01作為閾值,具體的以測序報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發現與特定表型或疾病相關的甲基化區域。

      差異RNA甲基化位點的識別與注釋


      6、差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析
      對差異甲基化基因進行功能分類,并發現明顯富集的功能條目。


      差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析
      m5C pri-miRNA測序
      m5C pri-miRNA測序

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      m5C RNA是近年來發現的一類在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒有系統性報道。云序生物率先開展m5C RNA甲基化測序服務,采用經典重亞硫 酸鹽處理的方式進行測序。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。
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      m5C RNA是近年來發現的一類在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒有系統性報道。云序生物率先開展m5C RNA甲基化測序服務,采用經典重亞硫酸鹽處理的方式進行測序(Bisulfite Sequencing, 簡稱 Bis-seq)。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。此外,云序生物亦提供 m5C 甲基化免疫沉淀測序(m5C Methylation Immunoprecipitation Sequencing,簡稱 m5C MeRIP-seq)服務,助力 m5C 修飾研究。

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      云序生物RNA甲基化測序產品

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      a) 細胞:2×107 

      b) 組織:100 mg-1 g

      c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA無明顯降解28S:18S>1.5或RIN>7)

      樣品運輸與保存
      樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
      樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。


      數據分析(下列有※表示個性化分析)
      1、識別RNA甲基化位點
      通過高通量測序和生物信息分析,識別甲基化富集的基因組區域。


      識別RNA甲基化位點


      2、RNA甲基化位點的注釋
      富集峰識別后,得到的是一堆基因組位置信息,通過生物信息分析利用鄰近基因對富集峰進行注釋,并根據峰中點相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰。

      RNA甲基化位點的注釋


      3、RNA甲基化位點在基因組中的分布
      根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。

           RNA甲基化位點在基因組中的分布         


      4、RNA甲基化位點Motif分析
      RNA上甲基化的位點,可能包含某種序列 motif。RNA甲基化酶可能正是通過識別這些 motif 特異性進行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點后,獲取序列就能使用生物信息學的手段來搜索這些 motif,從而揭示 RNA甲基化修飾的機制。

      RNA甲基化位點Motif分析


      5、差異RNA甲基化位點的識別與注釋
      云序生物使用meRanCompare軟件識別兩個/組樣品間的差異甲基化位點,以FDR<0.01作為閾值,具體的以測序報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發現與特定表型或疾病相關的甲基化區域。

      差異RNA甲基化位點的識別與注釋


      6、差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析
      對差異甲基化基因進行功能分類,并發現明顯富集的功能條目。


      差異RNA甲基化位點的GO與信號通路分析

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